Критики этого метода считают, что содержание интернет-сайтов ни коим образом не отражают качество обучения в вузе, а именно это и должны исследовать рейтинги вузов. Так, по словам директора Института комплексных исследований образования МГУ Виктора Кружалина, его авторы действуют по принципу наименьшего сопротивления: используют ту информацию, которую проще всего получить.  По мнению господина Кружалина, рейтинг Webometrics опирается на единственный источник — интернет-сайты вузов, а многие университеты ещё не полностью освоили этот ресурс.

Однако рейтинг Webometrics основан не на числе визитов и дизайне страниц, а на полноте представления вуза в сети. Такой подход дает комплексное представление о вузе, о его сетевой активности, о присутствии в интернете преподавателей, сотрудников, студентов. Сайт – визитная карточка вуза в международном образовательном сообществе, отражение  его образовательной и научной деятельности. Вэб-политика вуза способствует формированию новых связей, неформальному общению между учеными и реализации инновационных разработок на основе обмена опытом и творческого содружества. Публикации на вузовских сайтах – самый простой и дешевый путь оперативного обмена информацией между учеными, преподавателями, студентами.  Исходя из этого, без преувеличения можно сказать, что учебное заведение, не владеющее интернет-технологиями в принципе не может сегодня называться вузом, тем более университетом!

Webometrics позволяет судить о национальной системе высшего образования не по отдельным вузам-лидерам, а по всей совокупности составляющих ее университетов.  Отношение числа вузов, вошедших в рейтинг, к общему числу высших учебных заведений в национальной системе образования - важнейший показатель масштабности национальной системы высшего образования, ее целостности и готовности к восприятию новых образовательных технологий.

• У многих российских вузов более одного вэб адреса, некоторые имеют по три сайта. Такая ситуация запутывает студентов и абитуриентов. 
• Сегодня в мире активно создаются научные электронные библиотеки свободного доступа. Почти все издатели научных журналов мирового уровня не возражают против того, что вузы и НИИ выкладывают труды своих авторов на собственных сайтах в режиме свободного доступа.
• Берлинские принципы ранжирования высших учебных заведений (Berlin Principles on Ranking of Higher Education Institutions) предполагают, что как минимум 30% материала на официальных вузовских сайтах должны быть переведены на английский языке.
• Сайты российских вузов должны быть связаны между собой, организуя единое национальное образовательное пространство в интернете, однако это пока еще далеко от реального положения дел,